در تبیین زندگی معنوی شهید آیت الله العظمی امام خامنه ای بایستی به این مطلب اشاره کرد که ایشان به قرآن کریم و توسل به اهل بیت عنایت ویژه ای داشته و همواره به عنوان چراغ هدایت و راهنما در زندگی شان مورد تاکید قرار می دادند. ایشان ، قرآن را کتابی فراتر از کتاب آسمانی می دانستند و بر تلاوت، تفسیر و تدبیر در آیات قرآن کریم تاکید ویژه ای داشتند و معتقد بودند که تلاوت مستمر آیات الهی ، تسکین و آرامش روح را به دنبال داشته و تفسیر آیات قرآن ، نیازمند تلاش و تدبر شبانه روزی است.
ناگفته نماند ، شهید آیت الله العظمی امام خامنه ای ، عمل به آیات قرآن را موجب دست یابی به ایمان واقعی عنوان می نمودند و در عرصه مدیریتی و سیاسی خواهان تدوین قوانین بر اساس آموزه های قرآن بودند. در تبیین جایگاه دعا و نیایش در زندگی قائد امت شهید آیت الله العظمی امام خامنه ای ، ذکر همین نکته بس که ایشان در تمام اوقات و در سختی ها و آسانی ها، دعا را ارتباط مستقیم با خدای متعال و بهترین راه رفع مشکلات پیش رو بیان می نمودند و با اعتقاد به اینکه دعا برای دیگران از فضیلت بالایی برخوردار است به دعای همراه با تفکر و بدون ریا تاکید می کردند.
توسل به ائمه و اولیای الهی از دیگر ویژگی های بارز معنویت شهید آیت الله العظمی امام خامنه ای بود. ایشان توسل به ائمه را به عنوان الگوی کامل انسانی موجب قرب الهی و رسیدن به معنویت عنوان می نمودند. فرجام سخن اینکه؛ رابطه عمیق و تنگاتنگ شهید آیت الله العظمی امام خامنه ای با قرآن و دعا و توسل ویژه شان به ائمه و اولیای الهی، ایشان را به رهبری معنوی ، مورد اعتماد ، محبوب و الگویی ارزشمند برای امت اسلامی تبدیل کرد و برای همیشه نامش را در تاریخ اسلام جاودانه ساخت.
